Livet i tunnelen består som vanlig av sang, syltetøy og småkjekling helt til Knutsen, Ludvigsen og Grevlingen får et utkastelsesbrev. Det er ikke lov å bo i tunneler, og alle må ut. Nå kan bare den legendariske sjørøveren Kaptein Knutsen hjelpe. Men hvor er han?
Knutsen & Ludvigsen farer ut på vidstrakte og ville eventyr for å finne Kaptein Knutsen og redde tunnelen. Men det vil vise seg at redningen ligger nærmere enn noen kan gjette. Og den bor i tunnelen, har hundre hoder og minst fjorten bein...