Marius var bare et barn da hans mor forlot ham og reiste tilbake til Japan hvor hun kom fra. Nå, etter 25 år i uvisse, bestemmer han seg for å forsøke finne ut hva som skjedde med henne. Gjennom dette håper han at et stort hull i livet kan helbredes.
Med på reisen er hans kreative samarbeidspartner og beste venn, Fredrik, som deler Marius sin entusiasme for filmskapning. Det er denne lidenskapen som i Kodenavn: Nagasaki blir rammeverket for søket etter moren som forsvant.
